Se usa cuando alguien se queda ido, embobado o colgado mirando a la nada, como si estuviera contemplando una luna solo visible en su cabeza. Es muy típica de la costa y suena a regaño cariñoso. Básicamente es decir que estás en tu propio mundo, y hay que admitir que la expresión tiene bastante encanto.
"Oye, deja la luna guajira, que casi se te cae el café encima del celular por andar todo volado mirando pa' la ventana."