Se usa para decir que alguien está totalmente desorientado, sin pista de lo que pasa ni de qué hacer, como un pobre cuy plantado en un orfanato sin entender nada del mundo humano. Es una expresión bien criolla, medio cruel si lo piensas mucho, pero tan gráfica que da risa aunque el otro esté sufriendo.
"Le dije a mi primo que me ayudara con la tarea de física y estaba más perdido que cuy en orfanato, miraba el cuaderno como si fuera jeroglífico alienígena."